تدور قصة أنمي زهرة الأرواح (Spirit Blossom) حول وكالة غامضة تعمل في شؤون ما بعد الموت، حيث تتولى مهمة إرشاد الأرواح العالقة ومساعدتها على الانتقال بسلام إلى العالم الآخر. في أنمي زهرة الأرواح يعمل كل من تتسو وميساكي ضمن هذه الوكالة، لكن بأسلوبهما غير التقليدي، إذ يواجهان حالات مختلفة لأرواح لم تجد الراحة بعد، ويحاولان فهم قصصها ومشاعرها قبل مساعدتها. ومع أحداث أنمي زهرة الأرواح يخوض الثنائي تجارب مؤثرة مليئة بالغموض والمشاعر، حيث تكشف كل روح عن حكاية خاصة، ليصبح هدفهما ليس فقط إرشاد الأرواح، بل مساعدتها على إيجاد الطمأنينة والتصالح مع ماضيها.